Berdasarkan Peraturan Badan Meteorologi, Klimatologi, Dan Geofisika Nomor 6 Tahun 2020 Tentang Tentang Organisasi Dan Tata Kerja Balai Besar Meteorologi, Klimatologi Dan Geofisika, Stasiun Meteorologi, Stasiun Klimatologi, Dan Stasiun Geofisika, dengan struktur Balai Besar Meteorologi Klimatologi dan Geofisika Wilayah III Denpasar sebagai berikut:

1. Kepala Balai
2. Kepala Bagian Tata Usaha
3. Kelompok Jabatan Fungsional